新一代测序平台:Ion Torrent个人化基因组测序
信息来源:本站原创   更新时间:2010/11/18 18:09:54

    新一代测序平台:Ion Torrent个人化基因组测序

 

 

        

 

l           Ion Torrent个人化操作基因组测序仪(PGM™)是基于新一代的半导体测序技术,非常适合小型基因组、一系列基因的测序,或开展基因表达谱分析或CHIP-Seq。利用Ion AmpliSeq™定制方案,研究人员可在一天内利用单管中最多1536个扩增子筛查靶向的基因组区域。Ion Torrent系统是中等规模测序项目的最佳选择。

l           搭载快速、简单、可扩展性的半导体芯片,Ion PGM™引入了一个全新的测序方法,使之奇迹般地更快、更普及。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片,一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时,会释放出一个氢离子,反应池中的PH发生改变,位于池下的离子感受器感受到信号,把化学信号直接转化为数字信号,从而读出DNA序列。

 

主要应用:

 

l           小基因组测序(如:微生物和病毒的从头测序和重测序;线粒体测序等)

l           扩增子重测序(如:16S宏基因组测序)

l           靶向重测序

l           基因组/全外显子验证

 

 

样本要求:

 

l           样品类型:DNARNA样品

l           样品量:5 ug以上DNA样品或30 ug以上的总RNA

l           样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥500 ng/ul28S:18S2

l           样品保存:DNARNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80保存。样品保存期间避免反复冻融。

l           样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

 

 

技术特点:

 

l           简单:基于半导体技术测序原理,不用荧光、化学发光和酶级联反应

l           消耗样本少:最低只需100ng的起始量

l           快速:从文库构建到数据产出只需2天,上机测序只需1.53.5小时

l           灵活性:可满足不同通量的测序需求:314Chip(>10Mb/run),316Chip(>100Mb/run),318Chip(>1000Mb/run

l           准确性:99.97%

 

 

实验流程:

 

 

 

 

结果报告:

 

l           原始数据报告(Fasta-Q格式):所有测序序列信息,碱基读取质量评估

l           数据产出统计:对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列

l           统计结果:测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量

l           其它针对性的深层数据分析