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新一代测序平台：Ion Torrent个人化基因组测序
新一代测序平台：Ion Torrent个人化基因组测序
l Ion Torrent个人化操作基因组测序仪(PGM™)是基于新一代的半导体测序技术，非常适合小型基因组、一系列基因的测序，或开展基因表达谱分析或CHIP-Seq。利用Ion AmpliSeq™定制方案，研究人员可在一天内利用单管中最多1536个扩增子筛查靶向的基因组区域。Ion Torrent系统是中等规模测序项目的最佳选择。
l 搭载快速、简单、可扩展性的半导体芯片，Ion PGM™引入了一个全新的测序方法，使之奇迹般地更快、更普及。该技术使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片，一个小孔就是一个测序反应池。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸中的DNA链上时，会释放出一个氢离子，反应池中的PH发生改变，位于池下的离子感受器感受到信号，把化学信号直接转化为数字信号，从而读出DNA序列。
主要应用：
l 小基因组测序（如：微生物和病毒的从头测序和重测序；线粒体测序等）
l 扩增子重测序（如：16S宏基因组测序）
l 靶向重测序
l 基因组/全外显子验证
样本要求：
l 样品类型：DNA或RNA样品
l 样品量：5 ug以上DNA样品或30 ug以上的总RNA
l 样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥500 ng/ul，28S:18S≥2
l 样品保存：DNA或RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，
l 样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
技术特点：
l 简单：基于半导体技术测序原理，不用荧光、化学发光和酶级联反应
l 消耗样本少：最低只需100ng的起始量
l 快速：从文库构建到数据产出只需2天，上机测序只需1.5～3.5小时
l 灵活性：可满足不同通量的测序需求：314Chip（＞10Mb/run），316Chip（＞100Mb/run），318Chip（＞1000Mb/run）
l 准确性：99.97%
实验流程：
结果报告：
l 原始数据报告（Fasta-Q格式）：所有测序序列信息，碱基读取质量评估
l 数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列
l 统计结果：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量