高通量测序-Small RNA测序,LncRNA测序
信息来源:本站原创   更新时间:2014/9/18 10:01:30

                        

                                                       高通量测序Small RNA测序 LncRNA测序

 

 

基于Illumina HiSeq2500测序平台,研究某物种特定组织在特定条件下的SmallRNA,也可发现新的或该物种特有的Small RNA并预测其靶基因,为研究Small RNA的功能及基因调控机制提供了重要手段。

 

样品要求

样品量:总量10ug

样品浓度:浓度200ng/ul

样品纯度:OD260/2801.828S/18S1.5;
RNA
完整性: RIN8.0

 

流程及内容

 

 

18-30 nt范围的Small RNA从总RNA中分离出来,两端分别加上特定接头后(建库)反转录做成cDNAPCR扩增(RT-PCR),制备并HiSeq2500测序。

 

数据分析:

l  数据质控(去除接头序列、简单序列)

l  分析样品间的公共序列及特有序列

l  探索sRNA在选定的参考基因组上的分布

l  鉴定rRNAtRNAsnRNA等非编码RNA

l  miRNA鉴定

l  分析已知miRNA的表达模式

l  鉴定与重复序列相关的sRNA

l  鉴定mRNA降解片段

l  按照优先级对sRNA进行分类注释

l  miRNA发现

l  靶基因预测,

l  差异表达分析

l  GO富集和PATHWAY分析

l  靶基因KEGG通路分析

l  鉴定已知miRNA的碱基编辑

l  对已知miRNA的家族分析

 

 

可根据客户需求进行个性化分析,提供分析代码,客户可重现分析。

 

另:提供单细胞测序、LncRNA测序等。

 

LncRNA-长链非编码RNALong noncoding RNA)是一类长度超过200ntRNA分子,它们极少具有蛋白编码潜能,并且能够和DNARNA及蛋白质结合,以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNAmRNA 

 

详情请咨询。