高通量测序-转录组测序及分析,数据深入挖掘
信息来源:本站原创   更新时间:2014/9/18 10:05:44

                        

                                                    转录组测序及分析,数据深入挖掘

 

 

Illumina 2500 高通量测序平台,通过信息分析,可获得基因表达差异信息、SNP 分析、预测新转录本等信息,为研究基因的结构和基因的表达调控提供了重要的手段。   

 

 

样品要求

样品需求量(单次):≥5μg;

样品浓度:≥80 ng/μL;

样品纯度:OD260/280≥1.8OD260/230 ≥1.8RIN ≥6.023S:16S≥1.0

 

实验流程

提取样品总RNA后,用带有OligodT)的磁珠富集真核生物mRNA(若为原核生物,则用试剂盒去除rRNA后进入下一步)。加入fragmentation buffermRNA打断成短片段,以mRNA为模板,用六碱基随机引物(random hexamers)合成第一条cDNA链,然后加入缓冲液、dNTPsRNase HDNA polymerase I合成第二条cDNA链,在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加polyA)并连接测序接头,然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择,最后进行PCR扩增,建好的测序文库用Illumina HiSeq 2500进行测序。

 

 

分析流程及内容:

 

 

 

 

标准信息分析

l  对原始数据进行去除接头和低质量reads的处理

l  测序评估

l  统计 rRNA 比例  (需提供 rRNA 序列)

l  基因表达注释

l  基因差异表达分析

l  预测新转录本

l  SNP分析

 

无参考序列信息分析

l  对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理;

l  数据产出统计及测序数据的成分和质量评估;

l  组装结果分析(Contig长度分布、Unigene*长度分布);

l  Unigene  功能注释及COG分类;

l  Unigene  GO分类;

l  Unigene  代谢通路分析;

l  预测编码蛋白框(CDS);

l  Unigene  表达差异分析;

l  Unigene  在样品间的差异GO分类和Pathway 富集性分析;

l  SNP  分析;

l  SSR  开发及引物设计;

l  主成分分析(五个或五个以上样品);

l  条件特异表达分析(五个或五个以上样品)

 

数字基因表达(DGE

l  基因表达水平分析

l  差异表达基因分析

l  GO/KEGG

l  蛋白相互作用

l  基因共表达网络构建

 

 

 可根据需求进行个性化分析,提供分析代码,客户可重现分析。

 

 

另:提供单细胞测序、LncRNA测序等。