LncRNA测序及分析,数据深入挖掘
信息来源:本站原创   更新时间:2014/9/24 15:23:03

 

                                                       LncRNA测序及分析,数据深入挖掘

 

LncRNA-长链非编码RNALong noncoding RNA)是一类长度超过200ntRNA分子,它们极少具有蛋白编码潜能,并且能够和DNARNA及蛋白质结合,以RNA的形式在多种层面上调控基因的表达水平。LncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有LncRNAmRNA 

 

样品要求

样品量:总量5ug

样品浓度:浓度200ng/ul

 

流程及内容

样品量首先是去除rRNA,建链特异性RNA文库后,HiSeq2500测序。

 

数据分析:

lncRNA分析:

lncRNA拼接

lncRNA位点筛选

lncRNA编码潜能分析

lncRNA描述性分析

lncRNA保守性分析

 

mRNA分析

反义转录本鉴定

可变剪接分析

差异表达外显子分析

差异基因富集分析

TSSTTS位点统计

SNP及插入缺失分析

 

lncRNA mRNA结合分析

基因组表达分布

表达水平分析

差异表达分析

lncRNA –mRNA共表达网络

Cis/Trans 作用分析

可视化结果

 

可根据客户需求进行个性化分析,提供分析代码,客户可重现分析。

 

另:提供单细胞测序等。